Namun di sisi lain, sepak terjang PKS dapat menimbulkan stigma negatif bagi partai politik Islam yang benar-benar mengemban politik Islam. Masyarakat akan mengingat partai Islam sebagaimana kenangan mereka tentang PKS sejajar dengan partai-partai sekuler lainnya yang mempraktikkan politik kotor dan penuh tipu daya.
Dalam hal ini Muhammad Hawari dalam bukunya As-Siyasah al-Hizbiyyah li-al Harakah al-Islamiyah merangkum dua (2) sisi sebab-sebab kegagalan partai Islam yaitu pertama, dari aspek pemikiran dan tujuan yang menyatukan sebuah partai, apakah pemikiran yang mendasarinya sahih atau keliru? Kedua, dari aspek keorganisasian yaitu dari asas yang membangun partai tersebut.
Pada dasarnya, sebuah partai pasti tersusun di atas empat aspek berikut ini; Pertama, pemikiran (fikrah) yang menentukan tujuan serta yang menjadi asas untuk menyatukan masyarakat dengan partai. Kedua, metode (thariqah) yang ditempuh partai untuk meraih tujuannya. Ketiga, anggota-anggota partai serta sejauh mana keyakinan mereka terhadap pemikiran (fikrah) dan metode (thariqah) partainya. Keempat, cara (kayfiyah) untuk menyatukan masyarakat dengan partai tersebut. Keempat aspek ini sangat penting dimana jika partai kehilangan salah satu daripadanya dipastikan partai tersebut akan gagal mewujudkan tujuannya.
Apabila kita teliti lebih mendalam maka kita dapat menyimpulkan bahwa sebuah partai telah gagal dari sisi keorganisasiannya karena mengabaikan keempat aspek tersebut diatas. Hal tersebut didasarkan atas kenyataaan;
Pertama, partai Islam atau partai dakwah ternyata telah berdiri di atas pemikiran (fikrah) yang bersifat umum, kabur dan samar padahal seharusnya pemikiran yang mendasari sebuah partai memerlukan kristalisasi, pembersihan dan penyucian. Partai Islam seharusnya terikat pada ideologi Islam dan tidak pernah lepas dari amanah pengembanan dakwah Islam sebagaimana yang diperintahkan dalam QS Ali Imran ayat 104;
“Hendaklah ada di antara kalian segolongan umat yang menyeru kebaikan (Islam) serta melakukan amar makruf nahi mungkar. Mereka itulah orang-orang yang beruntung.”
Kedua, dalam perjalanannya ternyata partai tersebut tidak memahami metode yang benar untuk mengaplikasikan pemikiran-pemikirannya. Bahkan implementasi ide-ide diaplikasikan secara serampangan bahkan terkesan mengikuti arus yang ada.
Ketiga, harus kita akui bahwa partai tersebut ternyata bertumpu pada orang-orang yang tidak memiliki kesadaran dan kehendak yang benar. Ternyata mereka hanya sekumpulan orang yang berbekal semangat dan keinginan saja. Ketika partai ditimpa berbagai tantangan dan ujian menyebabkan mereka tak dapat bertahan lalu memutar haluan.
Keempat, yang lebih memprihatinkan adalah kenyataan bahwa orang-orang yang memikul tugas kepartaian tidak memiliki ikatan yang benar di antara mereka kecuali sekadar ikatan keorganisasian, sehingga mudah sekali dihinggapi pragmatisme berpolitik.
Oleh sebab itu, pilihan yang diambil oleh PKS telah menunjukkan kepada masyarakat tentang kemunduran berpolitik yang menyentuh titik terendahnya. Kita tidak mendapatkan apapun dari partai-partai Islam yang berkompromi dengan sekulerisme, kecuali sekadar harapan perubahan dan kemajuan semu.[]